Changeset 20792


Ignore:
Timestamp:
04/03/10 15:44:53 (2 years ago)
Author:
rns
Message:

Cleaned up test for primers, added DCCid to output.

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/modmine/webapp/src/org/modmine/web/FeaturesAction.java

    r20780 r20792  
    127127                } 
    128128            } else { 
    129  
    130                 if (hasPrimer){ 
    131  
    132                     q.addView(featureType + ".primaryIdentifier"); 
    133                     q.addView(featureType + ".score"); 
    134                     q.addView(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier"); 
    135                     q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.start"); 
    136                     q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.end"); 
    137                     q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.strand"); 
    138                     q.addConstraint(featureType + ".submissions.experiment.name",  
    139                             Constraints.eq(experimentName)); 
    140                     q.addOrderBy(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier");  
    141                     q.addOrderBy(featureType + ".chromosomeLocation.start");  
    142                 } else { 
    143                     q.addView(featureType + ".primaryIdentifier"); 
    144                     q.addView(featureType + ".score"); 
    145                     q.addView(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier"); 
    146                     q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.start"); 
    147                     q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.end"); 
    148                     q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.strand"); 
    149                     q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.type"); 
    150                     q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.name"); 
    151                     q.addConstraint(featureType + ".submissions.experiment.name",  
    152                             Constraints.eq(experimentName)); 
    153                     q.addOrderBy(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier");  
    154                     q.addOrderBy(featureType + ".chromosomeLocation.start");  
    155  
     129                q.addView(featureType + ".primaryIdentifier"); 
     130                q.addView(featureType + ".score"); 
     131                q.addView(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier"); 
     132                q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.start"); 
     133                q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.end"); 
     134                q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.strand"); 
     135                q.addView(featureType + ".submissions.DCCid"); 
     136                q.addConstraint(featureType + ".submissions.experiment.name",  
     137                        Constraints.eq(experimentName)); 
     138                q.addOrderBy(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier");  
     139                q.addOrderBy(featureType + ".chromosomeLocation.start");  
     140 
     141                if (!hasPrimer) { 
     142                    q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.type"); 
     143                    q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.name"); 
    156144                } 
    157145            } 
    … …  
    201189 
    202190            } else { 
    203  
    204                 // temporary until we remove primers from factors 
    205                 if (hasPrimer){ 
    206                     q.addView(featureType + ".primaryIdentifier"); 
    207                     q.addView(featureType + ".score"); 
    208                     q.addView(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier"); 
    209                     q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.start"); 
    210                     q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.end"); 
    211                     q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.strand"); 
    212                     q.addConstraint(featureType + ".submissions.DCCid", Constraints.eq(new Integer(dccId))); 
    213                     q.addOrderBy(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier");  
    214                     q.addOrderBy(featureType + ".chromosomeLocation.start");  
    215                 } else { 
    216  
    217                     q.addView(featureType + ".primaryIdentifier"); 
    218                     q.addView(featureType + ".score"); 
    219                     q.addView(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier"); 
    220                     q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.start"); 
    221                     q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.end"); 
    222                     q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.strand"); 
    223                     q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.type"); 
    224                     q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.name"); 
    225                     q.addConstraint(featureType + ".submissions.DCCid", Constraints.eq(new Integer(dccId))); 
    226                     q.addOrderBy(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier");  
    227                     q.addOrderBy(featureType + ".chromosomeLocation.start");  
     191                q.addView(featureType + ".primaryIdentifier"); 
     192                q.addView(featureType + ".score"); 
     193                q.addView(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier"); 
     194                q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.start"); 
     195                q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.end"); 
     196                q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.strand"); 
     197                q.addView(featureType + ".submissions.DCCid"); 
     198                q.addConstraint(featureType + ".submissions.DCCid", Constraints.eq(new Integer(dccId))); 
     199                q.addOrderBy(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier");  
     200                q.addOrderBy(featureType + ".chromosomeLocation.start");  
     201 
     202                if (!hasPrimer) { 
     203                    q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.type"); 
     204                    q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.name"); 
    228205                } 
    229206            } 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.