Changeset 20741


Ignore:
Timestamp:
26/02/10 16:54:15 (2 years ago)
Author:
contrino
Message:

modmine web: added check for submission for located features. TODO: add to experiment and clean

Location:
trunk/modmine/webapp/src/org/modmine/web
Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • trunk/modmine/webapp/src/org/modmine/web/FeaturesAction.java

    r20522 r20741  
    1111 */ 
    1212 
     13import java.util.List; 
     14import java.util.Map; 
     15 
    1316import javax.servlet.http.HttpServletRequest; 
    1417import javax.servlet.http.HttpServletResponse; 
    1518import javax.servlet.http.HttpSession; 
    1619 
     20import org.apache.log4j.Logger; 
    1721import org.apache.struts.action.ActionForm; 
    1822import org.apache.struts.action.ActionForward; 
    … …  
    5761     *  an exception 
    5862     */ 
     63     
     64     
     65     
     66    private static final Logger LOG = Logger.getLogger(MetadataCache.class); 
     67 
     68     
    5969    public ActionForward execute(ActionMapping mapping, 
    6070                                 ActionForm form, 
    … …  
    102112            Submission sub = MetadataCache.getSubmissionByDccId(os, new Integer(dccId)); 
    103113 
    104             q.addView(featureType + ".primaryIdentifier"); 
    105             q.addView(featureType + ".score"); 
    106             q.addView(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier"); 
    107             q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.start"); 
    108             q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.end"); 
    109             q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.strand"); 
    110             q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.type"); 
    111             q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.name"); 
    112             q.addConstraint(featureType + ".submissions.DCCid", Constraints.eq(new Integer(dccId))); 
    113             q.addOrderBy(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier");  
    114             q.addOrderBy(featureType + ".chromosomeLocation.start");  
    115              
    116             String experimentType = ""; 
    117             if (sub.getExperimentType() != null) { 
    118                 experimentType = StringUtil.indefiniteArticle(sub.getExperimentType())  
    119                 + " " + sub.getExperimentType() + " experiment in"; 
     114//            Map <Integer, String> QQ = MetadataCache.getLocatedFeatureTypes(os); 
     115//            String  locFeature = MetadataCache.getLocatedFeatureTypes(os).get(dccId); 
     116//            int dccNr = new Integer(dccId).intValue(); 
     117//            String qq = QQ.get(dccNr); 
     118 
     119            List<String>  locFeatures = MetadataCache.getLocatedFeatureTypes(os).get(dccId); 
     120             
     121             
     122             
     123             
     124//            LOG.info("HERE THEY ARE: " +QQ + "|" +qq + "<-"); 
     125             
     126            LOG.info("HERE THEY ARE: " + dccId + "|" +locFeatures + "<-"); 
     127             
     128            if (locFeatures.contains(featureType)){ 
     129                q.addView(featureType + ".primaryIdentifier"); 
     130                q.addView(featureType + ".score"); 
     131                q.addView(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier"); 
     132                q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.start"); 
     133                q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.end"); 
     134                q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.strand"); 
     135                q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.type"); 
     136                q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.name"); 
     137                q.addConstraint(featureType + ".submissions.DCCid", Constraints.eq(new Integer(dccId))); 
     138                q.addOrderBy(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier");  
     139                q.addOrderBy(featureType + ".chromosomeLocation.start");  
     140                 
     141                String experimentType = ""; 
     142                if (sub.getExperimentType() != null) { 
     143                    experimentType = StringUtil.indefiniteArticle(sub.getExperimentType())  
     144                    + " " + sub.getExperimentType() + " experiment in"; 
     145                } 
     146                 
     147                String efSub = ""; 
     148                if (SubmissionHelper.getExperimentalFactorString(sub).length() > 1){ 
     149                    efSub = " using " + SubmissionHelper.getExperimentalFactorString(sub); 
     150                } 
     151                 
     152                String description = "All " + featureType + " features generated by submission " + dccId 
     153                    + ", " + experimentType + " " 
     154                    + sub.getOrganism().getShortName() + efSub  
     155                    + " (" + sub.getProject().getSurnamePI() + ")."; 
     156                q.setDescription(description); 
     157 
     158//                q.addView(featureType + ".primaryIdentifier"); 
     159//                q.addView(featureType + ".score"); 
     160//                q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.type"); 
     161//                q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.name"); 
     162//                q.addConstraint(featureType + ".submissions.DCCid", Constraints.eq(new Integer(dccId))); 
     163//                 
     164//                String experimentType = ""; 
     165//                if (sub.getExperimentType() != null) { 
     166//                    experimentType = StringUtil.indefiniteArticle(sub.getExperimentType())  
     167//                    + " " + sub.getExperimentType() + " experiment in"; 
     168//                } 
     169//                 
     170//                String efSub = ""; 
     171//                if (SubmissionHelper.getExperimentalFactorString(sub).length() > 1){ 
     172//                    efSub = " using " + SubmissionHelper.getExperimentalFactorString(sub); 
     173//                } 
     174//                 
     175//                String description = "All " + featureType + " features generated by submission " + dccId 
     176//                    + ", " + experimentType + " " 
     177//                    + sub.getOrganism().getShortName() + efSub  
     178//                    + " (" + sub.getProject().getSurnamePI() + ")."; 
     179//                q.setDescription(description); 
     180                 
     181            } else { 
     182 
     183                 
     184                q.addView(featureType + ".primaryIdentifier"); 
     185                q.addView(featureType + ".score"); 
     186                q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.type"); 
     187                q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.name"); 
     188                q.addConstraint(featureType + ".submissions.DCCid", Constraints.eq(new Integer(dccId))); 
     189                 
     190                String experimentType = ""; 
     191                if (sub.getExperimentType() != null) { 
     192                    experimentType = StringUtil.indefiniteArticle(sub.getExperimentType())  
     193                    + " " + sub.getExperimentType() + " experiment in"; 
     194                } 
     195                 
     196                String efSub = ""; 
     197                if (SubmissionHelper.getExperimentalFactorString(sub).length() > 1){ 
     198                    efSub = " using " + SubmissionHelper.getExperimentalFactorString(sub); 
     199                } 
     200                 
     201                String description = "All " + featureType + " features generated by submission " + dccId 
     202                    + ", " + experimentType + " " 
     203                    + sub.getOrganism().getShortName() + efSub  
     204                    + " (" + sub.getProject().getSurnamePI() + ")."; 
     205                q.setDescription(description); 
     206 
     207//                 
     208//                 
     209//             
     210//            q.addView(featureType + ".primaryIdentifier"); 
     211//            q.addView(featureType + ".score"); 
     212//            q.addView(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier"); 
     213//            q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.start"); 
     214//            q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.end"); 
     215//            q.addView(featureType + ".chromosomeLocation.strand"); 
     216//            q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.type"); 
     217//            q.addView(featureType + ".submissions:experimentalFactors.name"); 
     218//            q.addConstraint(featureType + ".submissions.DCCid", Constraints.eq(new Integer(dccId))); 
     219//            q.addOrderBy(featureType + ".chromosome.primaryIdentifier");  
     220//            q.addOrderBy(featureType + ".chromosomeLocation.start");  
     221//             
     222//            String experimentType = ""; 
     223//            if (sub.getExperimentType() != null) { 
     224//                experimentType = StringUtil.indefiniteArticle(sub.getExperimentType())  
     225//                + " " + sub.getExperimentType() + " experiment in"; 
     226//            } 
     227//             
     228//            String efSub = ""; 
     229//            if (SubmissionHelper.getExperimentalFactorString(sub).length() > 1){ 
     230//                efSub = " using " + SubmissionHelper.getExperimentalFactorString(sub); 
     231//            } 
     232//             
     233//            String description = "All " + featureType + " features generated by submission " + dccId 
     234//                + ", " + experimentType + " " 
     235//                + sub.getOrganism().getShortName() + efSub  
     236//                + " (" + sub.getProject().getSurnamePI() + ")."; 
     237//            q.setDescription(description); 
     238             
    120239            } 
    121240             
    122             String efSub = ""; 
    123             if (SubmissionHelper.getExperimentalFactorString(sub).length() > 1){ 
    124                 efSub = " using " + SubmissionHelper.getExperimentalFactorString(sub); 
    125             } 
    126              
    127             String description = "All " + featureType + " features generated by submission " + dccId 
    128                 + ", " + experimentType + " " 
    129                 + sub.getOrganism().getShortName() + efSub  
    130                 + " (" + sub.getProject().getSurnamePI() + ")."; 
    131             q.setDescription(description); 
     241             
    132242        } 
    133243         

  • trunk/modmine/webapp/src/org/modmine/web/MetadataCache.java

    r20649 r20741  
    2525import org.intermine.model.bio.Experiment; 
    2626import org.intermine.model.bio.LocatedSequenceFeature; 
     27import org.intermine.model.bio.Location; 
    2728import org.intermine.model.bio.Project; 
    2829import org.intermine.model.bio.Submission; 
    … …  
    9495    private static Map<Integer, List<String>> submissionFilesCache = null; 
    9596    private static Map<Integer, Integer> filesPerSubmissionCache = null; 
     97 
     98//    private static Map<Integer, String> submissionLocatedFeatureTypes = null; 
     99    private static Map<String, List<String>> submissionLocatedFeatureTypes = null; 
     100 
    96101    private static long lastTrackCacheRefresh = 0; 
    97102    private static final long ONE_HOUR = 3600000; 
    … …  
    154159        } 
    155160        return filesPerSubmissionCache; 
     161    } 
     162 
     163    /** 
     164     * Fetch input/output file names per submission. 
     165     * @param os the production objectstore 
     166     * @return map 
     167     */ 
     168//    public static synchronized Map<Integer, String> getLocatedFeatureTypes(ObjectStore os) { 
     169        public static synchronized Map<String, List<String>> getLocatedFeatureTypes(ObjectStore os) { 
     170        if (submissionLocatedFeatureTypes == null) { 
     171            readSubmissionLocatedFeature(os); 
     172        } 
     173        return submissionLocatedFeatureTypes; 
    156174    } 
    157175 
    … …  
    529547 
    530548 
     549     
     550    private static void readSubmissionLocatedFeature(ObjectStore os) { 
     551        long startTime = System.currentTimeMillis(); 
     552         
     553//        submissionLocatedFeatureTypes = new LinkedHashMap<Integer, String>(); 
     554        submissionLocatedFeatureTypes = new LinkedHashMap<String, List<String>>(); 
     555         
     556        Query q = new Query(); 
     557        q.setDistinct(true); 
     558 
     559        QueryClass qcSub = new QueryClass(Submission.class); 
     560        QueryClass qcLsf = new QueryClass(LocatedSequenceFeature.class);         
     561        QueryClass qcLoc = new QueryClass(Location.class); 
     562 
     563        QueryField qfClass = new QueryField(qcLsf, "class"); 
     564         
     565        q.addFrom(qcSub); 
     566        q.addFrom(qcLsf); 
     567        q.addFrom(qcLoc); 
     568 
     569        q.addToSelect(qcSub); 
     570        q.addToSelect(qfClass); 
     571 
     572        ConstraintSet cs = new ConstraintSet(ConstraintOp.AND); 
     573 
     574        QueryCollectionReference features = new QueryCollectionReference(qcSub, "features"); 
     575        ContainsConstraint ccFeats = new ContainsConstraint(features, ConstraintOp.CONTAINS, qcLsf); 
     576        cs.addConstraint(ccFeats); 
     577 
     578        QueryObjectReference location = new QueryObjectReference(qcLsf, "chromosomeLocation"); 
     579        ContainsConstraint ccLocs = new ContainsConstraint(location, ConstraintOp.CONTAINS, qcLoc); 
     580        cs.addConstraint(ccLocs); 
     581 
     582        q.setConstraint(cs); 
     583 
     584        Results results = os.execute(q); 
     585        
     586        // for each classes set the values for jsp 
     587        for (Iterator<ResultsRow> iter = results.iterator(); iter.hasNext(); ) { 
     588            ResultsRow row = iter.next(); 
     589            Submission sub = (Submission) row.get(0); 
     590            Class feat = (Class) row.get(1); 
     591  
     592            addToMap(submissionLocatedFeatureTypes,sub.getdCCid().toString(), 
     593            feat.getName().replace("org.intermine.model.bio.", "")); 
     594             
     595//            submissionLocatedFeatureTypes.put(sub.getdCCid().toString(),  
     596//                    feat.getName().replace("org.intermine.model.bio.", ""));             
     597        }      
     598        long timeTaken = System.currentTimeMillis() - startTime; 
     599        LOG.info("Primed located features cache, took: " + timeTaken + "ms"); 
     600         
     601        LOG.info("HERE THEY ARE: " + submissionLocatedFeatureTypes); 
     602         
     603    } 
     604     
     605    
     606     
     607    /** 
     608     * adds an element to a list which is the value of a map 
     609     * @param m       the map (<String, List<String>>) 
     610     * @param key     the key for the map 
     611     * @param value   the list 
     612     */ 
     613    private static void addToMap(Map<String, List<String>> m, String key, String value) { 
     614 
     615        List<String> ids = new ArrayList<String>(); 
     616 
     617        if (m.containsKey(key)) { 
     618            ids = m.get(key); 
     619        } 
     620        if (!ids.contains(value)) { 
     621            ids.add(value); 
     622            m.put(key, ids); 
     623        } 
     624    } 
     625  
     626     
     627     
     628     
    531629    /** 
    532630     * Method to fill the cached map of submissions (ddcId) to list of 
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.