Changeset 16275

Show
Ignore:
Timestamp:
22/07/08 16:38:59 (1 month ago)
Author:
julie
Message:

corrected method signatures. Fixes #1774

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • trunk/bio/webapp/src/org/intermine/bio/web/widget/ChromosomeDistributionGraphURLGenerator.java

    r15993 r16275  
    7373    public PathQuery generatePathQuery(ObjectStore os, 
    7474                                       InterMineBag imBag, 
    75                                        @SuppressWarnings("unused") String series, 
    76                                        @SuppressWarnings("unused") String category) { 
     75                                       @SuppressWarnings("unused") String category, 
     76                                       @SuppressWarnings("unused") String series) { 
    7777 
    7878        Model model = os.getModel(); 
    …… 
    114114        PathNode chromosomeNode = q.addNode(bagType + ".chromosome.primaryIdentifier"); 
    115115        Constraint chromosomeConstraint 
    116                         = new Constraint(constraintOp, series, false, label, code, id, null); 
     116                        = new Constraint(constraintOp, category, false, label, code, id, null); 
    117117        chromosomeNode.getConstraints().add(chromosomeConstraint); 
    118118 

  • trunk/flymine/webapp/src/org/flymine/web/widget/BDGPinsituGraphURLGenerator.java

    r16230 r16275  
    7878    public PathQuery generatePathQuery(ObjectStore os, 
    7979                                       InterMineBag bag, 
    80                                        String series, 
    81                                        String category) { 
     80                                       String category, 
     81                                       String series) { 
    8282 
    8383        Model model = os.getModel(); 
    …… 
    9393        q.addConstraint("Gene.mRNAExpressionResults.dataSet.title",  Constraints.eq(DATASET)); 
    9494 
    95         // stage (series) 
     95        // stage (category) 
    9696        q.addConstraint("Gene.mRNAExpressionResults.stageRange", 
    97                         Constraints.eq(series + " (BDGP in situ)")); 
     97                        Constraints.eq(category + " (BDGP in situ)")); 
    9898 
    99         // expressed (category) 
    100         Boolean expressed = (category.equals("true") ? Boolean.TRUE : Boolean.FALSE); 
     99        // expressed (series) 
     100        Boolean expressed = (series.equals("true") ? Boolean.TRUE : Boolean.FALSE); 
    101101        q.addConstraint("Gene.mRNAExpressionResults.expressed",  Constraints.eq(expressed)); 
    102102 

  • trunk/flymine/webapp/src/org/flymine/web/widget/FlyAtlasGraphURLGenerator.java

    r16230 r16275  
    6666    public PathQuery generatePathQuery(ObjectStore os, 
    6767                                       InterMineBag bag, 
    68                                        String series, 
    69                                        String category) { 
     68                                       String category, 
     69                                       String series) { 
    7070 
    7171        Model model = os.getModel(); 
    …… 
    7979 
    8080        q.addConstraint("Gene",  Constraints.in(bag.getName())); 
    81         q.addConstraint("FlyAtlasResult.affyCall",  Constraints.eq(category)); 
    82         q.addConstraint("FlyAtlasResult.assays.name",  Constraints.eq(series)); 
     81        q.addConstraint("FlyAtlasResult.affyCall",  Constraints.eq(series)); 
     82        q.addConstraint("FlyAtlasResult.assays.name",  Constraints.eq(category)); 
    8383 
    8484        Boolean sortAscending = (category.equalsIgnoreCase("up") ? Boolean.FALSE : Boolean.TRUE); 

  • trunk/flymine/webapp/src/org/flymine/web/widget/FlyFishGraphURLGenerator.java

    r16230 r16275  
    7878    public PathQuery generatePathQuery(ObjectStore os, 
    7979                                       InterMineBag bag, 
    80                                        String series, 
    81                                        String category) { 
     80                                       String category, 
     81                                       String series) { 
    8282 
    8383        Model model = os.getModel(); 
    …… 
    9393        q.addConstraint("Gene.mRNAExpressionResults.dataSet.title",  Constraints.eq(DATASET)); 
    9494 
    95         // stage (series) 
     95        // stage (category) 
    9696        q.addConstraint("Gene.mRNAExpressionResults.stageRange", 
    97                         Constraints.eq(series + " (fly-FISH)")); 
     97                        Constraints.eq(category + " (fly-FISH)")); 
    9898 
    99         // expressed (category) 
    100         Boolean expressed = (category.equals("true") ? Boolean.TRUE : Boolean.FALSE); 
     99        // expressed (series) 
     100        Boolean expressed = (series.equals("true") ? Boolean.TRUE : Boolean.FALSE); 
    101101        q.addConstraint("Gene.mRNAExpressionResults.expressed",  Constraints.eq(expressed)); 
    102102 

  • trunk/intermine/web/main/src/org/intermine/web/logic/widget/GraphCategoryURLGenerator.java

    r15963 r16275  
    2828     * builds the url used by the graph widgets.  Simply concatenates the variables to create 
    2929     * a URL. 
    30      * @param dataset dataset represented by the entire graph  
     30     * @param dataset dataset represented by the entire graph 
    3131     * @param category specific category (eg employee type: manager, etc) 
    3232     * @param series specific series (eg part-time, full-time) 
    33      * @return url that sends the user to the results page containing data represented by  
     33     * @return url that sends the user to the results page containing data represented by 
    3434     * the bar on the graph they clicked on 
    3535     */ 
    …… 
    3737 
    3838    /** 
    39      * generates the path query  
     39     * generates the path query 
    4040     * @param os object store 
    4141     * @param bag bag that this widget is displaying 
    …… 
    4646    public PathQuery generatePathQuery(ObjectStore os, 
    4747                                       InterMineBag bag, 
    48                                        String series, 
    49                                        String category); 
     48                                       String category, 
     49                                       String series); 
    5050 
    5151