Changeset 16236

Show
Ignore:
Timestamp:
16/07/08 12:54:05 (1 month ago)
Author:
julie
Message:

in miranda, set organism for MRNAs

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • trunk/bio/sources/go-annotation/main/src/org/intermine/bio/dataconversion/GoConverter.java

    r16234 r16236  
    686686            Item synonym = newSynonym(item.getIdentifier(), "identifier", identifier, dataSource); 
    687687            store(synonym); 
    688  
    689688        } 
    690689        return item; 

  • trunk/bio/sources/miranda/main/src/org/intermine/bio/dataconversion/MirandaGFF3RecordHandler.java

    r16089 r16236  
    1616import org.intermine.bio.io.gff3.GFF3Record; 
    1717import org.intermine.metadata.Model; 
    18 import org.intermine.objectstore.ObjectStoreException; 
    1918import org.intermine.xml.full.Item; 
    2019 
    …… 
    3635    protected static final Logger LOG = Logger.getLogger(MirandaGFF3RecordHandler.class); 
    3736 
     37    /** 
     38     * 
     39     * @param tgtModel 
     40     */ 
    3841    public MirandaGFF3RecordHandler(Model tgtModel) { 
    3942        super(tgtModel); 
    …… 
    5255        String targetName = record.getAttributes().get("target").iterator().next(); 
    5356        feature.setAttribute("pvalue", record.getAttributes().get("pvalue").iterator().next()); 
    54         try { 
    55             Item gene = getMiRNAGene(geneName); 
    56             Item target = getTarget(targetName); 
    57             if (gene != null) { 
    58                 feature.setReference("mirnagene", gene); 
    59                 feature.setReference("target", target); 
    60             } 
    61         } catch (ObjectStoreException e) { 
    62             // TODO Auto-generated catch block 
    63             e.printStackTrace(); 
     57        Item gene = getMiRNAGene(geneName); 
     58        Item target = getTarget(targetName); 
     59        if (gene != null) { 
     60            feature.setReference("mirnagene", gene); 
     61            feature.setReference("target", target); 
    6462        } 
    6563    } 
    6664 
    67     private Item getTarget(String targetName) throws ObjectStoreException { 
     65    private Item getTarget(String targetName) { 
    6866        Item target = targets.get(targetName); 
    6967        if (target == null) { 
    …… 
    7169            target.setAttribute("secondaryIdentifier", targetName); 
    7270            target.addToCollection("dataSets", getDataSet()); 
     71            target.setReference("organism", getOrganism().getIdentifier()); 
    7372            targets.put(targetName, target); 
    7473            addEarlyItem(target); 
    …… 
    7776    } 
    7877 
    79     private Item getMiRNAGene(String geneName) throws ObjectStoreException { 
     78    private Item getMiRNAGene(String geneName) { 
    8079        String geneNameToUse = (geneName.startsWith("dme")) ? geneName.substring(geneName 
    8180                        .indexOf("-") + 1) : geneName; 
    …… 
    105104            } 
    106105            return gene; 
    107         } else { 
    108             // no resolver available so use gene symbol 
    109             Item gene = miRNAgenes.get(symbol); 
    110             if (gene == null) { 
    111                 gene = createItem("Gene"); 
    112                 gene.setAttribute("symbol", symbol); 
    113                 gene.setReference("organism", getOrganism()); 
    114                 gene.addToCollection("dataSets", getDataSet()); 
    115                 miRNAgenes.put(symbol, gene); 
    116                 addItem(gene); 
    117             } 
    118             return gene; 
    119106        } 
     107        // no resolver available so use gene symbol 
     108        Item gene = miRNAgenes.get(symbol); 
     109        if (gene == null) { 
     110            gene = createItem("Gene"); 
     111            gene.setAttribute("symbol", symbol); 
     112            gene.setReference("organism", getOrganism()); 
     113            gene.addToCollection("dataSets", getDataSet()); 
     114            miRNAgenes.put(symbol, gene); 
     115            addItem(gene); 
     116        } 
     117        return gene; 
     118 
    120119    } 
    121120 

  • trunk/bio/sources/miranda/test/resources/miranda-tgt-items.xml

    r16108 r16236  
    9393<attribute name="secondaryIdentifier" value="CG11023-RA"/> 
    9494<collection name="dataSets"><reference ref_id="0_2"/></collection> 
     95<reference name="organism" ref_id="0_0"/> 
    9596</item> 
    9697<item id="0_4" class="http://www.flymine.org/model/genomic#Chromosome">