Changeset 16211

Show
Ignore:
Timestamp:
14/07/08 15:17:16 (1 month ago)
Author:
julie
Message:

missing file from [16120]

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • trunk/flymine/webapp/src/org/flymine/web/widget/ProteinDomainLdr.java

    r15620 r16211  
    7777        QueryField qfProteinId = new QueryField(qcProtein, "id"); 
    7878        QueryField qfGeneId = new QueryField(qcGene, "id"); 
    79         QueryField qfName = new QueryField(qcProteinFeature, "name"); 
     79 
    8080        QueryField qfId = new QueryField(qcProteinFeature, "primaryIdentifier"); 
    8181        QueryField qfOrganismName = new QueryField(qcOrganism, "name"); 
    …… 
    109109        } 
    110110 
    111         if (bag.getType().equalsIgnoreCase("protein")) { 
     111        if (bagType.equals("Protein")) { 
    112112            QueryObjectReference qr1 = new QueryObjectReference(qcProtein, "organism"); 
    113113            cs.addConstraint(new ContainsConstraint(qr1, ConstraintOp.CONTAINS, qcOrganism)); 
    …… 
    121121 
    122122        Query q = new Query(); 
    123         q.setDistinct(true); 
    124         q.addFrom(qcProtein); 
    125         q.addFrom(qcOrganism); 
    126         q.addFrom(qcProteinFeature); 
     123        q.setDistinct(false); 
     124 
     125        Query subQ = new Query(); 
     126        subQ.setDistinct(true); 
     127 
     128        subQ.addFrom(qcProtein); 
     129        subQ.addFrom(qcOrganism); 
     130        subQ.addFrom(qcProteinFeature); 
    127131        if (bagType.equals("Gene")) { 
    128             q.addFrom(qcGene); 
     132            subQ.addFrom(qcGene); 
    129133        } 
    130         q.setConstraint(cs); 
     134        subQ.setConstraint(cs); 
    131135 
    132         if (action.equals("export")) { 
    133             q.addToSelect(qfId); 
    134             q.addToSelect(qfPrimaryIdentifier); 
    135             q.addToOrderBy(qfId); 
    136         } else if (action.equals("analysed")) { 
    137             if (bagType.equals("Protein")) { 
    138                 q.addToSelect(qfProteinId); 
    139             } else { 
    140                 q.addToSelect(qfGeneId); 
     136        if (bagType.equals("Protein")) { 
     137            subQ.addToSelect(qfProteinId); 
     138        } else { 
     139            subQ.addToSelect(qfGeneId); 
     140        } 
     141 
     142        if (action.equals("analysed")) { 
     143            return subQ; 
     144        } else  if (action.equals("export")) { 
     145            subQ.clearSelect(); 
     146            subQ.addToSelect(qfId); 
     147            subQ.addToSelect(qfPrimaryIdentifier); 
     148            subQ.addToOrderBy(qfId); 
     149            return subQ; 
     150        } else if (action.endsWith("Total")) {  // n and N 
     151            q.addFrom(subQ); 
     152            q.addToSelect(objectCount); 
     153        } else  {   // k and M 
     154            subQ.addToSelect(qfId); 
     155            QueryField qfName = new QueryField(qcProteinFeature, "name"); 
     156            subQ.addToSelect(qfName); 
     157 
     158            QueryField qfInterProId = new QueryField(subQ, qfId); 
     159            QueryField qfInterProName = new QueryField(subQ, qfName); 
     160            q.addFrom(subQ); 
     161            q.addToSelect(qfInterProId); 
     162            q.addToGroupBy(qfInterProId); 
     163            q.addToSelect(new QueryFunction()); 
     164            if (action.equals("sample")) { 
     165                q.addToSelect(qfInterProName); 
     166                q.addToGroupBy(qfInterProName); 
    141167            } 
    142         } else if (action.endsWith("Total")) { 
    143             if (bagType.equals("Protein")) { 
    144                 q.addToSelect(qfProteinId); 
    145             } else { 
    146                 q.addToSelect(qfGeneId); 
    147             } 
    148  
    149             Query superQ = new Query(); 
    150             superQ.addFrom(q); 
    151             superQ.addToSelect(objectCount); 
    152             return superQ; 
    153         } else {    // enrichment calculations 
    154             q.setDistinct(false); 
    155             q.addToSelect(qfId); 
    156             q.addToGroupBy(qfId); 
    157             q.addToSelect(objectCount); 
    158             if (action.equals("sample")) { 
    159                 q.addToSelect(qfName); 
    160                 q.addToGroupBy(qfName); 
    161             } 
    162          } 
     168        } 
    163169        return q; 
    164170    }